西元2199年,来自太阳(yáng )系外的敌人加(jiā )米拉斯帝国,为了(le )挽救母星的危(wēi )亡,开始侵略其他(tā )星球。地球军在(zài )与加米拉斯帝国(guó )军的交战中惨(cǎn )败,同时加米拉斯(sī )帝国军向地球(qiú )发射大量含有放(fàng )射能的游星炸(zhà )弹。地球的抵抗力量越来越弱。本(běn )与加米拉斯为双子星球的伊斯(sī )坎达尔星球仗义相助,向地球发(fā )送了波动引擎和波动炮的设计(jì )图纸,并告知地(dì )球军本星球拥有(yǒu )清除放射能的(de )设备“宇宙清洗器(qì )D”。在与欧洲、美(měi )洲失去联系的情(qíng )况下,地球防卫(wèi )军利用伊斯坎达(dá )尔星球提供的(de )技术将沉睡于海底的大和号改(gǎi )造为宇宙战舰。大和号全体乘员(yuán )踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫(màn )征程。