西元2199年,来自(zì )太阳系外的敌人(rén )加米拉斯帝国(guó ),为了挽救母星的危亡,开始侵略(luè )其他星球。地球军在与加米拉斯(sī )帝国军的交战中惨败,同时加米(mǐ )拉斯帝国军向(xiàng )地球发射大量含(hán )有放射能的游(yóu )星炸弹。地球的抵(dǐ )抗力量越来越(yuè )弱。本与加米拉斯(sī )为双子星球的(de )伊斯坎达尔星球(qiú )仗义相助,向地(dì )球发送了波动引(yǐn )擎和波动炮的(de )设计图纸,并告知(zhī )地球军本星球(qiú )拥有清除放射能的设备“宇宙清(qīng )洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系(xì )的情况下,地球防卫军利用伊斯(sī )坎达尔星球提(tí )供的技术将沉睡(shuì )于海底的大和(hé )号改造为宇宙战(zhàn )舰。大和号全体(tǐ )乘员踏上了取回(huí )“宇宙清洗器D”的(de )漫漫征程。