西元2199年,来自太阳(yáng )系外的敌人加(jiā )米拉斯帝国,为了(le )挽救母星的危(wēi )亡,开始侵略其他(tā )星球。地球军在(zài )与加米拉斯帝国军的交战中惨(cǎn )败,同时加米拉(lā )斯帝国军向地球(qiú )发射大量含有(yǒu )放射能的游星炸(zhà )弹。地球的抵抗(kàng )力量越来越弱。本(běn )与加米拉斯为(wéi )双子星球的伊斯(sī )坎达尔星球仗(zhàng )义相助,向地球发(fā )送了波动引擎(qíng )和波动炮的设计(jì )图纸,并告知地(dì )球军本星球拥有(yǒu )清除放射能的(de )设备“宇宙清洗器(qì )D”。在与欧洲、美(měi )洲失去联系的(de )情况下,地球防卫(wèi )军利用伊斯坎(kǎn )达尔星球提供的(de )技术将沉睡于(yú )海底的大和号改(gǎi )造为宇宙战舰(jiàn )。大和号全体乘员(yuán )踏上了取回“宇(yǔ )宙清洗器D”的漫漫(màn )征程。