西元2199年,来(lái )自太阳系外的(de )敌人加米拉斯帝(dì )国,为了挽救母(mǔ )星的危亡,开始侵(qīn )略其他星球。地(dì )球军在与加米拉(lā )斯帝国军的交(jiāo )战中惨败,同时加(jiā )米拉斯帝国军(jun1 )向地球发射大(dà )量含有放射能的(de )游星炸弹。地球(qiú )的抵抗力量越来(lái )越弱。本与加米(mǐ )拉斯为双子星球(qiú )的伊斯坎达尔(ěr )星球仗义相助,向(xiàng )地球发送了波(bō )动引擎和波动炮(pào )的设计图纸,并(bìng )告知地球军本星(xīng )球拥有清除放(fàng )射能的设备“宇宙(zhòu )清洗器D”。在与欧(ōu )洲、美洲失去联(lián )系的情况下,地(dì )球防卫军利用伊斯坎达尔星球(qiú )提供的技术将(jiāng )沉睡于海底的大(dà )和号改造为宇(yǔ )宙战舰。大和号全(quán )体乘员踏上了(le )取回“宇宙清洗器(qì )D”的漫漫征程。