西元2199年,来自(zì )太阳系外的敌人(rén )加米拉斯帝国(guó ),为了挽救母星的危亡,开始侵略(luè )其他星球。地球(qiú )军在与加米拉斯(sī )帝国军的交战(zhàn )中惨败,同时加米(mǐ )拉斯帝国军向(xiàng )地球发射大量含(hán )有放射能的游(yóu )星炸弹。地球的抵(dǐ )抗力量越来越(yuè )弱。本与加米拉斯(sī )为双子星球的(de )伊斯坎达尔星球(qiú )仗义相助,向地(dì )球发送了波动引(yǐn )擎和波动炮的(de )设计图纸,并告知(zhī )地球军本星球(qiú )拥有清除放射(shè )能的设备“宇宙清(qīng )洗器D”。在与欧洲(zhōu )、美洲失去联系(xì )的情况下,地球(qiú )防卫军利用伊斯(sī )坎达尔星球提(tí )供的技术将沉睡(shuì )于海底的大和(hé )号改造为宇宙战(zhàn )舰。大和号全体(tǐ )乘员踏上了取回(huí )“宇宙清洗器D”的(de )漫漫征程。