西元2199年(nián ),来自太阳系外的(de )敌人加米拉斯(sī )帝国,为了挽救母(mǔ )星的危亡,开始(shǐ )侵略其他星球(qiú )。地球军在与加米(mǐ )拉斯帝国军的(de )交战中惨败,同时(shí )加米拉斯帝国(guó )军向地球发射大(dà )量含有放射能(néng )的游星炸弹。地球(qiú )的抵抗力量越(yuè )来越弱。本与加米(mǐ )拉斯为双子星(xīng )球的伊斯坎达尔(ěr )星球仗义相助(zhù ),向地球发送了波(bō )动引擎和波动(dòng )炮的设计图纸,并(bìng )告知地球军本(běn )星球拥有清除放射能的设备“宇(yǔ )宙清洗器D”。在与(yǔ )欧洲、美洲失去(qù )联系的情况下(xià ),地球防卫军利用(yòng )伊斯坎达尔星(xīng )球提供的技术将(jiāng )沉睡于海底的(de )大和号改造为宇(yǔ )宙战舰。大和号(hào )全体乘员踏上了(le )取回“宇宙清洗(xǐ )器D”的漫漫征程。