西元2199年,来自太阳系外(wài )的敌人加米拉斯帝国,为了挽救(jiù )母星的危亡,开始侵略其他星球(qiú )。地球军在与加米拉斯帝国军的(de )交战中惨败,同时加米拉斯帝国(guó )军向地球发射大量含有放射能(néng )的游星炸弹。地(dì )球的抵抗力量越(yuè )来越弱。本与加(jiā )米拉斯为双子星球的伊斯坎达(dá )尔星球仗义相助,向地球发送了(le )波动引擎和波动炮的设计图纸(zhǐ ),并告知地球军本星球拥有清除(chú )放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与(yǔ )欧洲、美洲失去联系的情况下(xià ),地球防卫军利用伊斯坎达尔星(xīng )球提供的技术将沉睡于海底的(de )大和号改造为(wéi )宇宙战舰。大和号全体乘员踏上(shàng )了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程(chéng )。